Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SF3A1Q15459 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms