Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TRIM28Q13263 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
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