Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.3 ms