Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP4O75161 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms