Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms