Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms