Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms