Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
TRERF1Q96PN7 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms