Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SF3A1Q15459 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SF3A1Q15459 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SF3A1Q15459 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SF3A1Q15459 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SF3A1Q15459 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms