Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 DGCR8-207ENST00000491892 630 ntTSL 214.85□□□□□ -0.032e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 SERBP1-204ENST00000370995 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.042e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.252e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 CABLES2-202ENST00000453274 775 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.45□□□□□ -0.262e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 NOL4L-204ENST00000375677 541 ntTSL 310.69□□□□□ -0.72e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-206ENST00000409019 2525 ntTSL 510.54□□□□□ -0.722e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 SERBP1-203ENST00000370994 6676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.782e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-205ENST00000407270 2202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.832e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-204ENST00000406911 2041 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.61□□□□□ -1.032e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-215ENST00000482875 2504 ntTSL 28.46□□□□□ -1.052e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-201ENST00000405094 1785 ntTSL 5 BASIC7.23□□□□□ -1.252e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MAGED2-208ENST00000463787 662 ntTSL 37.18□□□□□ -1.263e-12■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 SERBP1-206ENST00000484880 628 ntTSL 26.11□□□□□ -1.432e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 SERBP1-205ENST00000462814 624 ntTSL 26.11□□□□□ -1.432e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-212ENST00000472767 768 ntTSL 26.07□□□□□ -1.442e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MTA3-213ENST00000475383 624 ntTSL 34□□□□□ -1.772e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 PWWP2A-203ENST00000520662 407 ntTSL 33.97□□□□□ -1.772e-8■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 MAGED2-211ENST00000487482 341 ntTSL 23.06□□□□□ -1.923e-12■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 STXBP2-208ENST00000595800 1974 ntTSL 220.86■□□□□ 0.933e-7■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 STXBP2-220ENST00000601061 706 ntTSL 318.23■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.323e-7■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 STXBP2-214ENST00000599400 811 ntTSL 512.72□□□□□ -0.373e-7■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 STXBP2-219ENST00000600702 770 ntTSL 210.37□□□□□ -0.753e-7■■■■■ 27.4
SF3A3Q12874 NEK8-202ENST00000543014 2055 ntTSL 220.7■□□□□ 0.91e-9■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 NEK8-201ENST00000268766 3581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.521e-9■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 WNK4-204ENST00000591448 3909 ntTSL 1 (best)14.29□□□□□ -0.125e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 WNK4-201ENST00000246914 4001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.285e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.212e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.832e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-212ENST00000497691 2555 ntTSL 1 (best)15.96■□□□□ 0.152e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-202ENST00000380302 2883 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.032e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-209ENST00000485307 1574 ntTSL 1 (best)13.34□□□□□ -0.272e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-207ENST00000467177 1221 ntTSL 1 (best)12.36□□□□□ -0.432e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SLC22A23-206ENST00000467144 542 ntTSL 411.66□□□□□ -0.542e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 SFI1-228ENST00000524296 2108 ntTSL 516.7■□□□□ 0.265e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 DCAF5-204ENST00000553943 736 ntTSL 318.05■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 TRRAP-203ENST00000417523 550 ntTSL 413.43□□□□□ -0.262e-72■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 TRIM28-206ENST00000595974 665 ntTSL 314.38□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 TRIM28-213ENST00000598355 714 ntTSL 214.37□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-208ENST00000564966 1122 ntTSL 221.91■■□□□ 1.11e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-213ENST00000568810 1080 ntTSL 221.63■■□□□ 1.051e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-206ENST00000563597 815 ntTSL 321.63■■□□□ 1.051e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-203ENST00000562222 742 ntTSL 320.56■□□□□ 0.881e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-212ENST00000567828 742 ntTSL 319.69■□□□□ 0.741e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-207ENST00000563732 846 ntTSL 219.42■□□□□ 0.71e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP4C-210ENST00000567040 879 ntTSL 215.11■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.523e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP1R12C-209ENST00000592993 2269 ntTSL 1 (best)21.75■■□□□ 1.073e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.753e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CARD19-202ENST00000466409 2291 ntTSL 1 (best)23.56■■□□□ 1.369e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.789e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CARD19-204ENST00000468781 660 ntTSL 219.52■□□□□ 0.729e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.179e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-204ENST00000381898 642 ntTSL 313.78□□□□□ -0.29e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CARD19-206ENST00000488630 2690 ntTSL 213.24□□□□□ -0.299e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CARD19-207ENST00000490488 759 ntTSL 1 (best)12.27□□□□□ -0.459e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-209ENST00000479715 660 ntTSL 312□□□□□ -0.499e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-203ENST00000335877 4290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.619e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-202ENST00000333082 3686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.19□□□□□ -0.789e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CARD19-205ENST00000475574 306 ntTSL 59.13□□□□□ -0.959e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-210ENST00000484891 4030 ntTSL 28.49□□□□□ -1.059e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 PSMF1-207ENST00000435720 319 ntTSL 56.73□□□□□ -1.339e-8■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 AC022384.1-202ENST00000450534 2831 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 AC022384.1-201ENST00000437082 2270 ntAPPRIS P5 TSL 211.04□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 TRIM28-207ENST00000597136 1552 ntTSL 214.25□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 RARS2-204ENST00000497828 672 ntTSL 28.68□□□□□ -1.021e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 TRIM28-215ENST00000601150 915 ntTSL 315.2■□□□□ 0.023e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 TRIM28-212ENST00000597995 702 ntTSL 210.82□□□□□ -0.683e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.248e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.198e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CEP131-202ENST00000374782 3505 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.178e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CEP131-201ENST00000269392 3673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.028e-7■■■■■ 27.3
SF3A3Q12874 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.759e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.289e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.19e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CYB5R3-208ENST00000470741 3938 ntTSL 1 (best)15.02□□□□□ -0.019e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.189e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CYB5R3-202ENST00000361740 2938 ntTSL 2 BASIC12.37□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ACADVL-237ENST00000583858 1015 ntTSL 517.11■□□□□ 0.331e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ACADVL-219ENST00000579425 1234 ntTSL 513.13□□□□□ -0.311e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ACADVL-239ENST00000585203 947 ntTSL 513.13□□□□□ -0.311e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.393e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.342e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CBX4-203ENST00000494546 432 ntTSL 329.31■■■□□ 2.283e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.182e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.132e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TTC19-208ENST00000497842 1360 ntTSL 527.29■■□□□ 1.962e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.922e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.772e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.712e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-209ENST00000581411 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 325.34■■□□□ 1.652e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.632e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PLEKHH3-202ENST00000456950 2406 ntTSL 225.24■■□□□ 1.634e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.62e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ZNF251-204ENST00000530353 2342 ntTSL 224.55■■□□□ 1.522e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.453e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PLEKHH3-205ENST00000591196 2640 ntTSL 1 (best)23.9■■□□□ 1.424e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.392e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.372e-7■■■■■ 27.2
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