Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
SOX4Q06945 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SOX4Q06945 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms