Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A4P53420 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A4P53420 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A4P53420 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A4P53420 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A4P53420 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms