Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HERPUD2Q9BSE4 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms