Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM28Q13263 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
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