Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
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