Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A4P53420 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A4P53420 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A4P53420 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms