Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CUX1P39880 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CUX1P39880 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.94
CUX1P39880 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
CUX1P39880 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
CUX1P39880 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CUX1P39880 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CUX1P39880 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CUX1P39880 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CUX1P39880 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
CUX1P39880 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CUX1P39880 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC33.41■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms