Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms