Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USF3Q68DE3 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms