Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC9P31274 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms