Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SDC1P18827 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms