Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP3Q9Y3E7 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP3Q9Y3E7 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms