Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SKA3Q8IX90 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms