Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC14.34□□□□□ -0.11
COL7A1Q02388 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms