Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG1P18858 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG1P18858 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG1P18858 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG1P18858 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG1P18858 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG1P18858 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG1P18858 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG1P18858 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG1P18858 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms