Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SCN3AQ9NY46 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms