Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms