Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS39Q96JC1 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms