Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms