Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A3Q14050 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A3Q14050 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
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