Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms