Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.7 ms