Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CUX1P39880 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
CUX1P39880 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CUX1P39880 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
CUX1P39880 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC33.76■■■■□ 3
CUX1P39880 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
CUX1P39880 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
CUX1P39880 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CUX1P39880 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CUX1P39880 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CUX1P39880 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms