Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms