Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TCOF1Q13428 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
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