Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM28Q13263 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
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