Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC9P31274 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms