Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD9P28356 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms