Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMA1Q9UHB6 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.8 ms