Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC54Q8NEL0 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms