Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms