Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
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