Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms