Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMA1Q9UHB6 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms