Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms