Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms