Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD4P09016 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms