Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL3A1P02461 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms