Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMD1Q9UGP4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms