Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms